整个空间中最醒目的元素就是由彩绘玻璃装饰的空间和玻璃窗格。绿色、蓝色、橙色和红色的方形玻璃拼成的隔板，插入人字形衡量之间，以及楼梯空间的两侧，表现出现有木质结构的几何形状，同时彩色玻璃窗格也暗示着这里过去作为一座教堂的历史。
这种神秘体验的就是那些细而长，嵌满彩色玻璃，幽暗而神秘的哥特式彩色玻璃花窗——哥特式建筑的显著装饰特色之一。而米兰大教堂的玻璃窗可能是全世界最大的，高约20米，共有24扇，主要以耶稣故事作为主题，正中的太阳光彩图案寓意正义和仁爱，这些彩色玻璃没有在长达500多年前的风风雨雨中损毁，至今仍光彩夺目
而教堂的彩色玻璃，不仅给教堂内带来了光明，也给教堂笼罩上一种神秘的氛围。彩色玻璃上都是一些宗教故事，是为了当年一些不识字的信徒更直观地了解宗教而制作的。
彩绘玻璃的繁荣与大批教堂的出现密切相关，主要盛行于罗马式和哥特式建筑。罗马式和哥特式建筑的窗户比较高大，布满整个建筑立面，便于采光。传统壁画中的玻璃镶嵌技法，在这两种建筑结构的教堂中难以运用，因而逐渐退出历史舞台，彩绘玻璃由此兴起。
教堂里的花窗即担起了墙体的功能，又能将阳光引入室内，还起到美化与装饰作用，更重要的是，这些彩色玻璃在当时承载着宗教的传播用途，为不识字的普罗大众能以看图的方式了解圣经的故事和人物。
若是再往前溯源，在欧洲12、13世纪哥特式教堂里，这种彩绘玻璃花窗已经是很惊艳的装饰了，甚至还被誉为「上帝之光」。
